Liên bang Đông Dương được đặt dưới quyền của hai cơ quan ở chính quốc Pháp. Nam Kỳ, Cao Miên và Lào phụ thuộc Bộ Thuộc địa Pháp dưới sự cai trị quân sự trong khi Trung và Bắc Kỳ phụ thuộc Bộ Ngoại giao Pháp do của nhà chức trách dân sự.[20] Dưới thời Toàn quyền Doumer việc cai trị mới được gộp lại trực thuộc Bộ Thuộc địa.

Cấp liên bang

Đứng đầu liên bang Đông Pháp là viên Toàn quyền và Tổng thư ký, tức Phó Toàn quyền. Sau năm 1945 chức vụ Toàn quyền Đông Dương đổi thành Cao ủy Pháp tại Đông Dương (Hauts commissaires de France en Indochine) và đến năm 1953 thì gọi là Tổng ủy (Commissaires généraux).

Chức toàn quyền được giao quyền lực rất lớn vì là người đứng đầu về hành chính lẫn quân sự. Hỗ trợ cho chức vụ này là Hội đồng Tối cao (Conseil supérieur). Cơ quan này gồm có

• Toàn quyền (đứng làm chủ tịch),
• Tổng tư lệnh quân đội,
• Thiếu tướng hải quân chỉ huy hạm đội Viễn Đông,
• Thống đốc Nam Kỳ
• Thống sứ Bắc Kỳ
• Thống sứ Ai Lao
• Thống sứ Cao Miên
• Khâm sứ Trung Kỳ
• Chủ tịch Đại hội đồng Kinh tế Tài chính,
• Bốn người bản xứ đặc bổ.

Hội đồng Tối cao họp hai năm một lần, một tại Hà Nội và một tại Sài Gòn, để ban hành các đạo luật và tính toán ngân sách chung và riêng của từng xứ.

Mười một bộ ở cấp liên bang gọi là tổng nha môn (services généraux) được giao việc điều hành các công vụ của nhà nước.

Cấp liên bang còn có hai nghị hội: "Hội đồng Chính phủ" (Conseil de Gouvernement de l'Indochine) và Đại hội đồng Kinh tế Tài chính Đông Dương (Grand Conseil des Intérêts économiques et Financiers de I’Indochine), thành lập năm 1928. Hội đồng Kinh tế có 51 thành viên: 28 người Pháp và 23 đại biểu của ba xứ Việt, Miên, Lào.[21] Trong số 23 người bản xứ thì người Việt chiếm 17 hoặc 18 ghế.[22] Hai hội đồng này chủ yếu là cơ quan tư vấn và thảo nghị chứ không phải là viện lập pháp.[23]

Về mặt tư pháp thì ở cấp liên bang có hai tòa án thượng thẩm đặt ở Hà Nội và Sài Gòn để nhận các bản kháng án từ những tòa án địa phương. Hệ thống tư pháp này duy trì trật tự công lý. Trong các vụ kháng án, các quan tòa người Âu được sự hỗ trợ từ quan lại người bản xứ. Về nguyên tắc, Liên bang này hoàn toàn theo chế độ tòa án và luật pháp của Pháp.

Ngoài quyền đại diện liên lạc với chính quốc, ứng xử ngoại giao và điều hành quân đội, chính quyền Liên bang còn có toàn quyền tài chính. Triều đình Huế nhận "lãnh lương" từ chính phủ Bảo hộ.[24]

Tổng cộng trên toàn cõi Đông Dương vào năm 1936 chính quyền có khoảng 3.300 công chức người Pháp trong guồng máy cai trị, trong số đó 400 thuộc cấp liên bang tập trung ở Hà Nội; số còn lại phụ thuộc cấp địa phương. Đa số xuất thân từ Trường Thuộc địa (École Coloniale ở Paris).[25]

Cấp địa phương thuộc địa

Trong sáu xứ thuộc Liên bang Đông Dương thì riêng Nam Kỳ là trực thuộc cai trị của Pháp dưới chế độ thuộc địa. Đứng đầu Nam Kỳ là Thống đốc (gouverneur), có "Hội đồng Tư mật" và Hội đồng Thuộc địa là hai nghị hội.

Ở cấp nhỏ hơn thì có Chánh Tham biện (administrateur) đứng đầu mỗi địa hạt (arrondissement), sau đổi thành Chủ tỉnh (Tỉnh trưởng) (chef de la province) và tỉnh (province). Dưới tỉnh là quận (circonscription) và cơ sở phái viên hành chánh (délégation administrative), đứng đầu là viên Chủ quận (Chef de la circonscription) và vị Phái viên hành chánh (Délégué administratif) tương ứng; rồi đến cấp tổng (canton) với cai tổng quản lý.

Dân Nam Kỳ hưởng quy chế "thuộc dân Pháp" (sujets français) và được hưởng quyền lợi nhiều hơn các xứ khác. Muốn vào Pháp tịch để bình đẳng như dân mẫu quốc thì phải nộp đơn để thành citoyens français.[26] Nam Kỳ cũng là xứ có bầu cử định kỳ và vận động cử tri. Người có Pháp tịch hoặc hội đủ một số điều kiện tài chánh mới có quyền đi bầu.

Ở cấp tỉnh thì hội đồng tỉnh ở Nam Kỳ bắt đầu hoạt động từ năm 1882. Thôn xã được tổ chức với khái niệm dân chủ đầu phiếu từ năm 1927.[22]

Về mặt luật pháp thì Nam Kỳ chiếu theo bộ hình luật của Pháp ban hành năm 1912.[27]

Cấp địa phương bảo hộ

Bốn xứ Bắc Kỳ, Trung Kỳ, Lào và Miên thuộc chế độ bảo hộ, tức hệ thống hành chính bản xứ được duy trì và người Pháp cai trị gián tiếp qua ngạch quan lại Việt (ở Bắc Kỳ và Trung Kỳ), Miên hoặc Lào. Vì lẽ đó mà có hai hệ thống song hành, một của Pháp, một của bản xứ, trên pháp lý là bình quyền cùng giám sát quốc sự, nhưng khi thi hành thì chế độ bản xứ tùy thuộc vào quyền phán quyết của người Pháp. Bộ Ngoại giao Pháp đảm nhiệm việc hành chính nhưng sang đầu thế kỷ 20 thì giao lại cho Bộ Thuộc địa Pháp, phản ảnh quan điểm và chính sách của Pháp đối với các xứ bảo hộ. Dân cư của các xứ Trung Kỳ, Bắc Kỳ, Lào và Miên trên mặt pháp lý thuộc hạng protéges français, thấp nhất trong ba hạng citoyens (công dân), sujets (thuộc dân), và protéges (dân bảo hộ) ở Đông Dương.

Bắc Kỳ

Đứng đầu nền bảo hộ Bắc Kỳ là Thống sứ người Pháp (Résidents supérieurs) (1889-1955) cùng ba nghị hội "Hội đồng Bảo hộ", "Hội đồng Pháp nhân" (đại diện người Pháp), và "Viện Dân biểu Bắc Kỳ" (đại diện người Việt). Viên thống sứ tuy là người Pháp nhưng kể từ ngày 26 Tháng Bảy năm 1897[28] kiêm cả chức đại diện cho Nam triều, tức là kinh lược sứ của vua nhà Nguyễn. Các quan lại bản xứ trên danh nghĩa là quan của triều đình Huế nhưng đều trực thuộc quyền viên thống sứ.[29] Chủ quyền của triều đình Huế ở Bắc Kỳ từ đó càng bị thu hẹp. Trước năm 1889, khâm sứ Trung Kỳ đại diện cho cả hai xứ Bắc và Trung Kỳ.[30]

Kể từ năm 1900 Thống sứ Bắc Kỳ kiêm luôn chức quản trị Quảng Châu Loan tuy đây là một nhượng địa riêng với hạn kỳ 99 năm.

Cấp tỉnh thì hội đồng tỉnh bắt đầu hiện diện từ năm 1886 nhưng hoạt động yếu ớt. Ở cấp làng xã thì cũng như tiền triều nhà Nguyễn, người dân được tự trị. Mãi đến năm 1941 ở Bắc Kỳ mới thực hiện cải cách, cho dân chúng đầu phiếu bầu hội đồng xã.[22]

Trung Kỳ

Đứng đầu nền bảo hộ Trung Kỳ là Khâm sứ người Pháp. Chức vụ này từ năm 1884 đến 1889 có tên là Résidents généraux d'Annam. Sau năm 1889 thì đổi thành Résidents supérieurs (1889-1953). Hành dinh của Khâm sứ Pháp đặt ở Huế. Sang thập niên 1950 thì chuyển vào Đà Lạt.[22]

Khâm sứ Trung Kỳ tham gia hội đồng phụ chính từ năm 1887, đến Tháng Sáu năm 1895 thì có đặc quyền chủ tọa Hội đồng Cơ mật và cả Tôn nhân phủ.[31] Tất cả các công văn sắc dụ ban hành đều phải có chữ ký phê thuận của viên khâm sứ.[32] Ngoài ra Triều đình Huế kể từ Tháng Chín 1897 phải chịu cho một viên hội lý người Pháp làm quản sự cho mỗi vị thượng thư trong Lục bộ cũ.[33]

Hiệp sức với viên Khâm sứ là "Hội đồng Bảo hộ" và "Hội đồng Pháp nhân" (đại diện người Pháp). Trung Kỳ cũng có "Viện Dân biểu Trung Kỳ" thành lập năm 1926 nhưng cơ quan này kể từ năm 1932 không thuộc chính phủ bảo hộ nữa mà thuộc triều đình Huế kiểm soát. Trước năm 1932 Viện Dân biểu trực thuộc viên Khâm sứ Pháp.

Thống sứ Bắc Kỳ hay Khâm sứ Trung Kỳ là hai cách gọi khác nhau của người Việt nhưng chức vị và quyền hành trong chính phủ Bảo hộ thì giống nhau. Tiếng Pháp gọi chức vụ này là résident supérieur, đúng ra dịch sát nghĩa là "lưu trú quan đại thần".

Ở cấp tỉnh thì có hội đồng tỉnh, thành lập từ năm 1913, muộn hơn Bắc Kỳ 27 năm, và mãi đến năm 1942 mới bắt đầu tổ chức lại thôn xã và cho phép người dân đầu phiếu hội đồng xã.[22]

Vùng duyên hải thì hệ thống quan lại và hành chánh của người Việt thì giữ nguyên nhưng ở trên Cao nguyên thì người Pháp lập một khu riêng, không do người Việt quản trị, gọi là Pays Montagnards du Sud bắt đầu vào thập niên 1920. Người Việt không có giấy phép không được lên vùng này.[22]

Cao Miên, Lào, và các tỉnh

Ở Lào và Miên cũng có khâm sứ như Trung Kỳ. Khâm sứ Pháp ở Cao Miên kể từ năm 1897 có quyền hành rộng lớn như khâm sứ ở Huế.[34]

Ở cấp tỉnh thì ở mỗi tỉnh có công sứ (résident) người Pháp trong khi người Việt thì có tổng đốc, tuần phủ hay quản đạo tùy theo tỉnh lớn hay nhỏ ở miền xuôi hay ở mạn ngược. Dinh công sứ không nhất thiết đặt ở tỉnh lỵ như tỉnh Bắc Ninh thì công sứ đặt hành sở ở Gia Lâm. Bắc Kỳ và Trung Kỳ ở cấp phủ huyện, người Pháp còn đặt một số đại lý (délégués) giám sát việc cai trị. Như tỉnh Ninh Bình thì dinh công sứ đặt ở Phát Diệm và một đại lý nữa ở Phủ Nho Quan.[35] Viên công sứ nắm quyền thuế vụ.

Ở Cao Miên thì khet (tương đương với "tỉnh") thì có chau-faikhet. ở Lào không có cấp tỉnh mà chỉ có cấp tương đương với phủ huyện (tiếng Pháp: préfecture) gọi là mouang hay muang, có chao-muang đứng đầu. Công sứ Pháp ở Cao Miên so với Việt Nam thì việc cai trị có tính trực tiếp hơn tuy vẫn là trên danh nghĩa "bảo hộ". Công sứ ở Miên có thực quyền trị an, thu thuế, mở mang kinh tế mà không cần sự ưng thuận của Miên triều.[36]

Cấp địa phương nhượng địa

Đạo dụ 1 Tháng Mười năm 1888 triều Đồng Khánh (Toàn quyền Richaud) cắt thêm ba thành phố Hà Nội, Hải Phòng, và Đà Nẵng (người Pháp gọi là Tourane) làm nhượng địa (concession) cho Pháp, tức là cùng thể chế trực trị như Nam Kỳ tuy nằm trong lãnh thổ bảo hộ bản xứ.[20]

Đứng đầu hai thành phố Sài Gòn và Chợ Lớn là viên Đô trưởng người Pháp (Maire). Hai thành phố Hà Nội và Hải Phòng tại Bắc Kỳ cùng thành phố Tourane (Đà Nẵng) tại Trung Kỳ, đứng đầu là viên Đốc lý người Pháp (Résident-maire). Bên cạnh viên Thị trưởng hay Đốc lý là Hội đồng thành phố (Conseil Municipal) đối với thành phố loại I hoặc Ủy hội thành phố (Commission Municipale) đối với thành phố loại II. Thành viên của Hội đồng hoặc Uỷ hội gồm cả người Pháp lẫn người Việt;[37] Hội đồng thành phố Sài Gòn được lập năm 1869, Ủy hội thành phố Chợ Lớn lập năm 1879, Hội đồng thành phố Hà Nội và Hải Phòng lập năm 1891 và Ủy hội thành phố Tourane lập năm 1908.[38]

Ngoài ra bốn quân khu vùng biên giới Việt-Hoa và Lào-Hoa cũng thuộc dạng cai trị trực tiếp. Cao nguyên Trung phần gồm các tỉnh Darlac (lập năm 1904), Kontum (1913), Donnai Thượng, Lang Bian (1920), và Pleiku (1932) cũng đặt ngoài quyền quản trị của người Việt.[39]